Schimmelpilze können in bestimmten Fällen Mykotoxine bilden, die bei Menschen und Tieren zu gesundheitlichen Schäden führen können. Ein bekanntes Beispiel ist der Schimmelpilz Stachybotrys chartarum, der unter geeigneten Bedingungen giftige Substanzen, sogenannte Satratoxine, produziert. Ob diese Toxine ohne direkte Aufnahme, beispielsweise durch Kontakt oder Einatmen, toxisch wirken, ist jedoch weiterhin umstritten.
Für den Menschen besonders gefährlich sind Mykotoxine, die durch Schimmel auf Lebensmitteln entstehen. Dazu zählen beispielsweise Aflatoxine, die auf verschimmelten Nüssen auftreten, oder Fusarium-Toxine, die auf befallenem Getreide vorkommen. Der Verzehr solcher belasteten Lebensmittel kann schwere gesundheitliche Folgen haben.